El juez federal Carlos Villafuerte Ruzo, quien tomó el caso en 1996, archivó la causa en 1998, ratificando la hipótesis del accidente. Esta decisión fue confirmada por todas las instancias judiciales, incluida la Corte Suprema de Justicia, que en 2001 rechazó un recurso para reabrir el caso. En 2010, tras un acuerdo con la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) impulsado por Zulema Yoma, madre de Carlos Menem Jr., la causa se reabrió para explorar la hipótesis del atentado. Sin embargo, las investigaciones posteriores, incluidas autopsias y peritajes adicionales, no encontraron pruebas concluyentes de disparos o sabotaje. En 2017, una exhumación del cuerpo de Menem Jr., solicitada por Yoma, confirmó que los restos eran suyos, descartando manipulaciones, y no se hallaron evidencias de heridas de bala.

A pesar de las afirmaciones de Zulema Yoma y, posteriormente, de Carlos Menem (quien en 2014 cambió su postura y apoyó la teoría del atentado), la Justicia nunca halló pruebas sólidas que respaldaran la hipótesis de un ataque. El juez Villafuerte Ruzo, en una entrevista de 2025, reiteró que las 528 testimoniales, decenas de pericias y 24 mil fojas del expediente sustentan la conclusión del accidente, desestimando las teorías de atentado como "folclore" sin sustento probatorio. La familia de Silvio Oltra, quien murió junto a Menem Jr., también apoyó la versión del accidente y reclamó una indemnización por imprudencia del piloto.

Aunque la causa fue reabierta en 2023 por orden de la CIDH, que dio un plazo de siete meses para nuevas investigaciones, no han surgido elementos definitivos que cambien la resolución judicial de que la muerte fue accidental. La falta de custodia del helicóptero tras el siniestro y la muerte de algunos testigos en circunstancias diversas han alimentado sospechas, pero no han sido suficientes para alterar el dictamen oficial