En 2024, el conflicto escaló con paros, como el de 48 horas en octubre y otro de 72 horas en mayo de 2025, además de un abrazo simbólico al hospital para visibilizar la situación. Los trabajadores denuncian recortes presupuestarios, congelamiento de sueldos y una "fuga" de profesionales por la falta de recomposición salarial acorde a la inflación (236,7% en el último año).

Un punto de fricción fue la destitución del Consejo de Administración del hospital en octubre de 2024 por otorgar un bono excepcional de $500.000, considerado inconsulto por el ministro de Salud, Mario Lugones. El Gobierno argumenta que las cuentas del hospital están saneadas, con un déficit operativo eliminado y reservas de $2.000 millones mensuales para 2025, pero sostiene que los fondos están mal distribuidos, especialmente por los altos salarios de cargos jerárquicos (556 personas con sueldos de $3-4 millones mensuales).

Además, en mayo de 2025, la Asociación de Profesionales y Técnicos del Garrahan (APyT) denunció el cierre de la residencia de trabajo social, que aloja a familiares de niños en tratamiento, calificándolo como una vulneración de derechos. Los trabajadores también acusaron al Gobierno de Javier Milei y a Lugones de "destruir el sistema público de salud" y perpetrar un "genocidio planificado" al desmantelar programas de prevención y limitar el acceso a la salud.

El Gobierno nacional asegura que no hay recortes y que los fondos para insumos, salarios y obras se sostienen con normalidad, aunque en enero de 2024 el presupuesto devengado por Nación fue de $0, un fenómeno que también ocurrió en gestiones anteriores debido a la falta de distribución presupuestaria al inicio del año. Sin embargo, los trabajadores insisten en que los recursos son insuficientes y que la falta de respuestas agrava la crisis, afectando la atención de alta complejidad que brinda el hospital, donde se realizan el 50% de los trasplantes infantiles del país y se atiende al 40% de los casos de cáncer pediátrico.

En resumen, el Gobierno no ha atendido las demandas salariales y presupuestarias del Garrahan, lo que ha generado protestas, paros y denuncias de desfinanciamiento, mientras las autoridades sostienen que buscan optimizar recursos sin afectar la atención.