La trayectoria de este asentamiento militar comenzó a mediados de 1924 con la llegada de medios aerostáticos desde Ensenada y la posterior inauguración formal de la Estación Aeronaval en mayo de 1927, concebida bajo la doctrina de vigilar y defender la entrada al Río de la Plata. Durante décadas, la base albergó instituciones clave como la Escuela de Aerostación Naval, el Arsenal Aeronaval y la Escuela de Aviación Naval (ESAN), consolidándose institucionalmente como la "cuna de la Aviación Naval".
En el devenir del siglo XX, la guarnición militar de Punta Indio estuvo estrechamente vinculada a los acontecimientos políticos y conflictos armados del país. La base tuvo participación activa en los eventos del bombardeo a la Plaza de Mayo en 1955 y en los enfrentamientos armados entre las facciones "Azules y Colorados" en 1962 y abril de 1963, cuando fue ocupada por efectivas fuerzas del Ejército Argentino. Asimismo, tras la Segunda Guerra Mundial, la Armada Argentina incorporó un contingente de técnicos e ingenieros italianos que se asentaron en Verónica para impulsar el desarrollo aeronáutico local. Durante la Guerra de Malvinas en 1982, la BAPI actuó como centro de apoyo logístico imprescindible para las operaciones aeronavales, sufriendo la pérdida de personal como los cabos segundos artilleros Sergio Iselli y Claudio Grimoldi, fallecidos en el hundimiento del crucero ARA General Belgrano.
Sin embargo, la historia institucional de la base también abarca los episodios represivos de la última dictadura cívico-militar (1976-1983). La BAPI funcionó como centro clandestino de detención y punto de despegue para las aeronaves utilizadas en los denominados "vuelos de la muerte", hecho por el cual la Secretaría de Derechos Humanos de la Nación y la Comisión Provincial por la Memoria la señalizaron formalmente como Sitio de la Memoria en noviembre de 2023. Esta señalización, que posteriormente sufrió actos de vandalismo, y los intentos políticos locales por instalar monumentos con aviones militares han reflejado una profunda polarización social en la comunidad circundante.
Hacia finales de 2024, las autoridades del Ministerio de Defensa y del Comando de la Aviación Naval redujeron la jerarquía institucional del predio militar. Mediante una resolución oficializada el 20 de diciembre de 2024, la guarnición dejó de ser la sede de la Fuerza Aeronaval N.º 1 (FAE1), suprimiéndose el cargo de Comandante de Fuerza y reduciendo la unidad al rango de base aeronaval subordinada. Este reordenamiento administrativo constituyó el paso previo a la decisión de desactivar la infraestructura y transferir la totalidad de sus medios operativos, educativos y técnicos a la provincia de Buenos Aires austral.
La clausura de las actividades aeronavales en el distrito de Punta Indio no responde a un evento aislado, sino a la convergencia de una severa restricción presupuestaria, el deterioro crítico de la infraestructura aeronáutica y un cambio profundo en el eje de la geopolítica de defensa de la República Argentina